따라서 종교단체가 취득한 부동산을 2년 이상 사용하지 아니하고 종단 소속 유지재단으 로 부동산소유권을 이전등기 하는 경우 기 감면된 취득세가 추징대상에 해당하는 것인지와 유지재단이 취득한 경우 유지재단도 종교단체로 보아 취득세 감면대상에 해당하는지가 쟁 점이다. 그간 소속 종교단체인 교회가 취득한 부동산을 무상으로 유지재단에 이전하는 경우에 추 징대상에 해당하는지 여부에 대하여 행정자치부의 유권해석, 조세심판원의 심판청구 및 감 사원 심사청구 결정사례를 보면 다음과 같이 운영되었다. 구분 추징함이 타당함 : 갑설 추징대상이 아님 : 을설 행정자치부 유권해석 행정자치부 세정-3055, 2007.8.6 행정안전부 지방세운영과-2957, 2011.6.7. 조세심판원 심판청구 조심 2014지0389, 2014.11.3. 조심 2015지1026, 2016.03.30. 감사원 심사청구 - 감심 2015-242, 2015.06.25. 최근 대법원 판결(대법원 2016.6.10.선고, 2016두34707결정)에서는 “부동산을 유지재단 에 증여하여 소유자로서의 지위를 상실한 이후에는 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 해당 사업에 직접 사용하고 있다고 볼 수 없으므로, 추징사유가 발생하였다고 봄 이 타당하고, 유지재단이 취득세 면제조항에서 정한 취득세 면제대상 법인에 해당한다고 보 기는 어렵다”라고 판시함에 따라 종교단체가 당초 종교용으로 취득한 이후에 취득세를 감 면받았지만 소속 유지재단으로 이관하는 경우에는 추징사유에 해당될 뿐만 아니라 유지재 단 역시 종교단체에 해당하지 아니하는 이상 취득세 감면을 적용할 수가 없는 것이다(조심 2017지1048, 2018.01.08.참조). 사례 종교 유지재단에 부동산 이관 시 추징대상 판단 (조심2017지1048, 2018.01.08) 청구인과 종전 재단법인 및 현 재단법인은 별도의 정관을 두고 있으며, 대표자와 이사회 및 소재지를 달리하는 독립된 법인 등이고, 종전 재단법인의 명의로 등기된 후와 현 재단법인에게 증여한 후에는 당연히 청구인이 부동산의 소유자 또는 사실상 취득자의 지위에서 종교용에 직 접 사용하지 아니하였고, 청구인이 2015.12.10. 종전 재단법인으로부터 명의신탁 해지를 원인 으로 부동산의 소유권이전등기를 한 날부터 2년 이내인 2017.1.26. 현 재단법인에게 증여한 이 상 「지방세특례제한법」 제50조제1항제3호에서 규정하는 추징사유가 발생하였다 할 것임. 법무사 2018년 4월호 71
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