법무연구 6권(2016.8)

변형결정을 둘러싼 헌법재판소와 대법원의 갈등문제 해결방안 / 성중탁 9 이 전문 개정인 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지 여서 종전 본칙은 물론, 부칙도 모두 소멸하는 것으로 보아야 하는 것이 원칙이지만, 특 별한 사정이 있는 경우 효력이 상실되지 않는다고 할 것인바(대법원 2002. 7. 26. 선고 2001두11168 판결 등), ‘특별한 사정’이라 함은 전문 개정된 법률에 경과규정으로 계속 적용한다는 별도 규정을 둔 경우뿐만 아니라, 예외적인 특별한 사정이 있는 경우도 포 함된다고 할 것이고, 그 예외적인 ‘특별한 사정’이 있는지 여부를 판단함에 있어 종전 경과규정의 입법 경위 및 취지, 전문 개정된 법령의 입법 취지 및 전반적 체계, 종전의 경과규정이 실효된다고 볼 경우 법률상 공백상태가 발생하는지 여부, 기타 제반 사정 등을 종합적으로 고려하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 한다. 이 사건 부칙조항은 자산재평가 특례제도 규정인 종전의 조세감면규제법 제56조의2 가 삭제되면서 위 규정 에 의하여 이미 자산재평가를 실시한 법인만을 사후적으로 규율하기 위하여 당해 법인 의 상장기한 및 미상장시 기존의 자산재평가의 효력(제1항), 법인이 자산재평가를 취소 한 경우의 효력(제2항) 등을 정하는 한편, 그 기한에 대하여만 대통령령에 위임하였으 므로, 전문개정법에서 경과규정을 두지 않더라도 폐지된 자산재평가 특례제도와 관련된 사항을 충분히 규율할 수 있다고 보이는 점, 전문개정법의 시행으로 인하여 부칙조항의 효력이 1994. 1. 1. 상실되는 것으로 본다면 종전 제56조의2에 따라 자산재평가를 실시 한 법인에 대하여 사후관리가 불가능하게 되는 법상 공백상태에 이르게 되는 점, 이에 따라 상장기한 내에 상장을 하지 않은 법인에 대하여 이미 실시한 자산재평가를 자산재 평가법에 의한 재평가로 보지 않게 됨에도 불구하고, 그 재평가차액을 당해 재평가일이 속하는 사업연도의 소득금액계산상 익금에 산입하지 못하거나(이 사건 부칙조항 제1항 의 실효) 재평가를 취소한 법인에 대하여는 재평가된 자산가액을 기초로 계상한 감가상 각비나 양도차익 등을 재계산하지 못한다면(이 사건 부칙조항 제2항의 실효), 이는 종 전의 제56조의2 에 따른 자산재평가를 실시하지 아니한 채 원가주의에 입각하여 법인 세 등을 신고ㆍ납부하여 온 법인이나 상장기한 내에 상장을 실시한 법인에 비하여 합리 적인 이유 없이 우대하는 결과가 되어 조세공평주의 이념에 반하게 되는 점, 반면 종전 제56조의2 에 의하여 이미 자산재평가를 한 법인에 대하여 부칙조항을 적용하여 과세 하더라도 그 법인에게 예측하지 못한 부담을 지우는 것으로 법적 안정성을 해친다고 보 기 어려운 점 등을 종합하면, 부칙조항은 전문개정법 시행에도 불구하고, 실효되지 않았 다고 볼 ‘특별한 사정’이 있다고 보아야 할 것이다.”